Da gibts dermaßen viele Tools für, ist schon schwer zu überblicken welcher etwas taugt. Kannst dir ja mal ein ungefähres Bild machen und bei google "MP3 Splitter" eingeben.
Auf
http://www.yaosoft.com/ gibts z.B. einen zum download
Wenn du da "per selection" auswählst, kannst du manuell die Breakpoints setzen