Hast du den iPod schonmal im Diskmode gebootet und von da aus wiederhergestellt?
Bei der Wiederherstellung werden die ganzen Ordner auf dem iPod neu erstellt.Das sollte dein Problem normalerweise lösen.
Mein iPod (5. Generation 30 Gigabyte) hat im Ordner iPod_Control noch die Unterordner Device, Artwork, iTunes und Music.
Die restlichen Ordner im Hauptverzeichniss sind eigentlich irrelevant.
Bei mir sind da folgende drin: Contacts, Calendars,Notes und Photos.
Intressant wäre auch zu wissen was für einen iPod du genau hast und ob dein iTunes akuteull ist.
Hier mal ein Scrren wie es bei mir aussieht:
Wobei der Sharepodordner nichts mit den Systemdaten zu tun hat, sondern ein externes Tool zum kopieren von Musik ist.