Erstmal zur Klarheit:
Beide Varianten sind Software-Raids. Ein Hardware-Raid ist auf KEINEM aktuellen noch so teuren Desktop-Board integriert.
Bei einem Hardware-Raid brauchst du zwangsweise eine PCI(e/X)-Karte mit einen integrierten Prozessor, der die Steuerung des Datenflusses usw. übernimmt.
Software-Raid heißt nur, dass es keinen dezidierten Raid-Prozessor gibt, die Berechnungen also von der CPU übernommen werden müssen.
Wenn du mal erzählen würdest, was das für ein Board ist, könnte man dir wahrscheinlich noch besser helfen.
Aber ich glaube, du meinst das in etwa so, dass du unter Windows über die Controller-Software ein Raid einrichten willst und unter Linux über das System selbst ein Raid einrichten willst.
Sollte es sich dabei um die selben Platten handeln wird das 100%ig NICHT funktionieren, weil sich die beiden Systeme beharken würden.
Hast du keine Möglichkeit, während das POST beim Bootvorgang des Rechners ein Menü des Raidcontrollers aufzurufen?
Normalerweise müsste das gehen. Dann kannst du das Raid nämlich systemunabhängig einrichten und bist nur auf die entsprechenden Controllertreiber beim Installieren des jeweiligen Betriebssystems angewiesen.
Sollte es die für Linux nicht geben, kannst du deine Planung eines Raid wohl vollkommen vergessen, wenn du dir keinen externen Raidcontroller kaufen willst.