Kurz gesagt, das ist ziemlich egal. Die Geräte die schon 600 MBit unterstützen kommen natürlich an den 600er Port. Welche Bandbreite du erwarten kannst hängt dann vom Controller bzw. den Line-Kapazitäten auf dem Mainboard ab. Die SATA Anschlüsse sind jedoch grundsätzlich separat zu betrachten, die alte IDE Problematik mit langsamen und schnellen Geräten an einem Stringt ist endlich obsolet...
gehe ich Recht in der Annahme, dass die Motherboard 6Gb/s Anschlüsse gleichwerig zu denen auf dem ASUS-Controller sind?
Da wirst du in der Regel kaum einen Unterschied feststellen könne. Spürbar schnellere Ergebnisse erhällst du sowieso nur mit aktiven Controllern (das sind dann die Teile ab 600 € aufwärts *grins*).